1. 장내미생물의 역할
장내 미생물군집(microbiome)의 형성은 장이라는 특수 환경과 미생물간의 복잡한 교류, 그리고 인간과의 상호 이익 추구에 직접적인 영향을 받으며 공생해왔기 때문에, 인간과 장내미생물들은 깊은 상호 의존성을 갖고 다양하고 밀접한 영향을 주고 받는다. 장내미생물들은 장내 내피세포의 영양작용과 융모의 생성으로 면역계의 발달에도 도움을 준다. 또한 포합 담즙산의 생체 전환, 비타민의 합성에 관여하는 등의 역할을 한다. 

2. 장내 미생물 불균형으로 생길 수 있는 질환들
장은 인체와 외부환경 사이에서 가장 넓은 접촉 공간을 차지하면서 인체에 필요한 영양분으로 혈중으로 흡수하고 미생물, 미생물에 의한 부산물, 항원, 장내 염증 전구물질과 같은 인체에 해로운 물질의 흡수를 차단하는 방어벽으로서 역할을 수행한다. 

특히 정상 성인에서 장관 내 정상적으로 존재하는 미생물들은 장점막 세포의 기능을 수행하는데 중요한 역할을 하여, 병원균의 증식을 억제하고 항생물질을 생산하고 미세융모의 성장과 활동, 장관벽 형성을 담당한다. 

또한 장내에서 형성된 독성물질의 제거, 장내 면역 기능을 자극하는 역할에 관여하기 때문에, 장내 미생물 균총의 변화는 알러지와 같은 다양한 염증성 질환을 유발시킬 수 있다. 정상 미생물 균총이 줄고 이상 세균이 증식하게 되면 상부 위장관에서 소화가 덜 되어 내려온 단백질을 분해하여 vasoactive amine을 생산하여 장내 모세혈관 벽의 투과성이 증가하게 되어 여러가지 염증성 질환이 발생하게 된다. 증가된 장 투과성은 염증성 장질환의 주요 병인으로 설명되며, 이는 염증성 물질이 지속적으로 장점막으로 들어와 질병의 발생과 악화에 관여한다. 이러한 장내세균총은 사람이 매일 섭취하는 음식물에 의해서 많은 영향을 받는다. 

장내 미생물 불균형으로 인해 자폐증, 강직성 척추염, 장염, 염증성 관절염 등에 이르는 다양한 질병들도 장내 미생물 균총의 변이와 관계가 있는 것으로 보고되어 있다. 

3. 장누수증후군 Leaky gut syndrome
장점막 세포의 손상으로 인해 장 투과성이 증가되어 발생하는 일련의 임상적 장애를 가리켜 장누수증후군이라고 하는데, 정상 장 점막 상태에서는 흡수될 수 없는 거대 분자 물질(세균, 진균, 기생충, 소화되지 않은 거대 단백분자, 미생물에 의해 생산된 내독소 등)이 손상된 세포 간 치밀 결합(tight junction) 부위를 통해 체내로 흡수되게 되어 여러 가지 증상들이 발생하게 되는 것을 말한다. 증가된 장 투과성은 면역체계의 혼란을 일으키며, 관련 증상으로는 급만성 간질환, 아토피, 류마티스 관절염, 다발성 경화증, 전신성 홍반성 낭창 등의 자가 면역질환, 음식 알러지, 자폐증 등을 유발한다고 알려져 있다. 
장 투과성의 변화는 알콜성 간질환의 발생기전에도 중요한 역할을 한다. 알콜의 섭취가 장관 벽 기능 이상을 유발하여 장내세균의 내독소가 순환혈류로 유입되어 간에 염증성 반응이 유발된다. 
또한 비만과 관련된 대사증후군의 경우 지속적인 낮은 정도의 만성 염증 상태를 나타내어 염증과 밀접한 연관성이 있는데, 장내 세균총의 불균형은 이러한 염증 상태를 지속시키므로, 당뇨 및 비만과 같은 대사 증후군을 유발시키는 것으로 볼수 있다. 

Journal of Society of Korean Medicine for obesity research 2009:9(1):1-14